Yuuichi, banal jeune homme de 17 ans, va faire ses études dans une petite ville où il était venu 7 ans plus tôt. A l'époque, il y passait ses vacances avec sa cousine Nayuki. Il ne garde néanmoins aucun souvenir précis de cette époque, que ça soit des rencontres qu'il y a fait ou des aventures qu'il y a vécu.
Un jour où il attend que Nayuki ai fini de faire ses courses, il se fait bousculer par une étrange fillette. Elle s'appelle Ayu et tous deux réalisent rapidement qu'ils étaient autrefois compagnons de jeu. Au fil de ses rencontres, Yuuichi va peu à peu retrouver la mémoire sur son passé vécu dans cette ville et découvrir des souvenirs parfois douloureux qu'il aurait certainement du oublier à jamais...

Adapté d'un eroge des mêmes auteurs que Air, Kanon 2006 est un remake d'un premier anime de 13 épisodes datant de 2002.

Ayu Tsukimiya

Ayu tsukimiya est une jeune fille pleine de vie.
Elle est l'amie de Yuuichi et elle l'aime également.
Elle dit souvent "Uguu" pour on ne sait quelle raison.
Elle adore les"Tayakis".

   Yuuichi Aizawa

 C'est le cousin de Nayuki.
IL aime taquiner les autres et il fait toujours attendre Nayuki aux rendez-vous.
Il a un petit faible pour Ayu Tsukimiya.

  Sawatari Makoto

Quand Yuuichi était plus jeune, il soigna une jeune renarde qui s'était bléssée dans la forêt.
A cette époque il logeait dèja chez Nayuki(sa cousine), alors il l'a cacha dans sa chambre.
Mais un jour Yuuichi déposa la renarde dans la forêt et s'en alla a toute vitesse car il était vraiment triste de se sèparer d'elle.
La renarde était triste car on venait de l'abandonner.
Alors elle donna ses souvenirs et offra sa vie au dieu renard qui lui donna une apparence humaine et le nom de Makoto Sawatari pour pouvoir aller rejoindre Yuuichi. 
Akiko la mère de Nayuki decida de la garder jusqu'a ce que ses souvenirs reviennent car Makoto souffre d'une étrange amnésie.